Bukkit hat den Vorteil, sich erweiterten zu lassen. Da Bukkit aber jetzt auch ein gutes Jahr existiert, gibt es für Bukkit gefühlt fast genauso viele Plugins, wie es für den IPod Apps gibt. Da fällt die Entscheidung nicht leicht. Noch dazu kommt: Je größer ein Plugin, desto schwieriger die Configs.
Was braucht ein Server:
Wenn man nicht gerade einen Vanilla-Server aufsetzt, braucht man auf jeden Fall ein Plugins, die die Rechte definieren und ein Plugin für die normalen Kommandos, die jeder Publicserver haben sollte. Die Rede ist von Essentials. „Bukkit Essentials“ ist ein All-Round Plugin, welches Kommandos, wie zum Beispiel „/spawn“ oder die MOTD implementiert. Als Rechts-(Permissions-)System empfehle ich nur „PermissionsEX“. Dieses 
Plugin ist zwar etwas schwierig zu konfigurieren, aber für einen PublicServer stark genug, auch wirklich jede Möglichkeit zu definieren. Über Rechte der Welt anzupassen verwendet man am Besten „WorldGuard“. Es gibt zwar auch andere Plugins, aber keines ist so umfangreich wie WorldGuard. Wenn man zusätzlich mehr Möglichkeiten zur Weltenverwaltung haben möchte, schaut man sich am Besten „MultiVerse“ an. Das Plugin ist aber auch wieder etwas schwer zu konfigurieren.
Und darüber hinaus:
Klar gibt es noch andere Plugins, die den Bukkitserver interessanter machen. Von der Implementierung von einem Wirtschaftssystem bis hin zu den ganzen Arenen, kann Bukkit eigentlich so viel, sodass einem Admin und natürlich seinen Spielern auch nicht langweilig wird. Aber nur bei einer regelmäßigen Wartung und Updates (wohlgemerkt manuell) wird ein Server auch zu einem guten.
Grenzen von Bukkit?
Bukkit kann nur mit den Funktionen arbeiten, die Minecraft selbst implementiert hat. So kann ein Plugin zum Beispiel die Droprate von einem Item ändern und die Welt mit vorhandenen Ressourcen verändern. Zum Beispiel kann Bukkit eine völlig andere Welt generieren, neue Biome erstellen und vorhandene Features ändern. Bukkit kann aber keine neuen Blöcke oder Features hinzufügen. Denn dafür müsste auch die Clientversion verändert werden. Da das aber auf einem PublicServer keinen Sinn macht, gibt es nur noch die Möglich von Spout, wobei dieser Launcher auch beim Client vorhanden sein muss.